日本脳炎には毎年数名が罹患しています。過去25年間の致死率は17%と報告されています。蚊が媒介するので気温の高い西日本に多いとされていましたが、関東圏でも認められるようになりました。かつては北海道では不要と言われていたり、東日本では罹患することは稀と言われていました。その一方、地球温暖化の影響を受けて、関東地方でも報告は散見されるようになっており、乳児期から接種を推奨する医師もいます。世界では6万名以上が罹患し、1-2万人が亡くなっています。

日本脳炎は感染した100-1000人に1人が発症すると言われています。幼児小児、高齢者は死亡のリスクが高く、後遺症は45-70%に残ると言われています。